台灣寺廟藝術館包括寺廟館、布袋戲館以及神像館，其中寺廟館佔地最廣，分為19個區域介紹台灣寺廟。

寺廟館內陳設的主題，從寺廟與台灣開發的關係、廟會活動，到彩繪、剪黏等工藝美術，以及迎神所用的神輿、儀仗、繡旗等行頭，可說是琳瑯滿目。館內還有座從西螺拆遷而來的伽藍爺廟，從龍柱、大門、石階、香爐到神龕，皆為清嘉慶年間的古物。此外，館中也有多媒體放映，呈現台灣廟宇之美。

布袋戲館是另一大重要主題館，在雲林縣閣派──新興閣掌中劇團的協助典藏下，館內蒐羅了200多尊戲偶。另外，早期演出時所使用的劇本、彩樓、戲台、嗩吶等，也都屬難得一見。