台湾寺庙艺术馆包括寺庙馆、布袋戏馆以及神像馆，其中寺庙馆占地最广，分为19个区域介绍台湾寺庙。

寺庙馆内陈设的主题，从寺庙与台湾开发的关系、庙会活动，到彩绘、剪黏等工艺美术，以及迎神所用的神舆、仪仗、绣旗等行头，可说是琳琅满目。馆内还有座从西螺拆迁而来的伽蓝爷庙，从龙柱、大门、石阶、香炉到神龛，皆为清嘉庆年间的古物。此外，馆中也有多媒体放映，呈现台湾庙宇之美。

布袋戏馆是另一大重要主题馆，在云林县阁派――新兴阁掌中剧团的协助典藏下，馆内搜罗了200多尊戏偶。另外，早期演出时所使用的剧本、彩楼、戏台、唢呐等，也都属难得一见。