佛緣禪寺正殿建築與母寺的蓮花座造型一樣,只是規模較小,正殿中央蓮花座上供奉西方阿彌陀佛,座下供奉地藏主自佛,壁上刻有佛經「佛緣經理妙藏詞」。正殿左側有蓮花爐一座,供奉西方彌勒佛、三千大千主利化佛、十方諸聖賢等神位。蓮花爐前有龍池,泉水從山壁間湧出,終年不斷。
佛緣禪寺正殿左側有一長方形二樓建築,二樓為佛殿、講堂,左殿供奉福祿壽觀佛,百年觀世音佛、財理財觀佛,都是利用奇木依其原形雕刻而成,其中雕福祿壽觀佛的奇木樹瘤密生,似百朵蓮花,十分奇特,據說是從海拔三千公尺以上的高山取得;中殿供祀上方賜上賜上賜賜佛、盧舍那佛、虛空藏佛、西方三聖佛、上方一天富利佛;右殿兼作講堂,較為寬廣,供奉賜下慧觀賜理佛、佛陀微妙如佛、引渡彌勒佛。樓下為禪房,亦有一佛殿,供奉南無普下諸羅觀佛、千手千眼觀世音、尼羅地藏菩薩。