該館分為遺址發掘現場和出土文物陳列館兩大部分,占地面積26000平方米,主體建築面積為3163平方米,建築外觀仿河姆渡幹欄式建築。
收藏了河姆渡遺址出土的文物3000餘件,還有出土的動植物骨骸遺存、木構件以及陶片標本數萬件,其中的人工栽培稻穀、骨耜和帶榫卯的木構件等文物,堪稱為新石器時代文化的精品。
其陳列分為基本陳列和標本陳列兩部分,基本陳列分為3個大廳,利用聲、光、電等現代科學技術,形象地再現了7000年前河姆渡人的生產、生活場景。
博物館基本陳列有3個展廳,第一展廳陳列出土文物400餘件,輔以照片、圖表、模型,介紹了遺址的基本情況。第二展廳稻作經濟,反映稻作農業及漁獵採集活動。第三展廳反映河姆渡人定居生活和原始藝術兩個內容。
以遺址考古發掘場復原和四棟幹欄式建築再現為主體內容的遺址公園,在文物陳列館東南100米處,占地面積23000平方米。內設有全國重點文物保護單位河姆渡遺址標誌碑和花崗石鐫刻的遺址說明碑。