义民庙与朝天宫仅有一条街之隔，这座庙是奉祀在林爽文与戴潮春事件中，死难的英勇烈士。大殿奉祀义民公，后殿则是义民冢，并配祀义犬将军，是冢庙合一的古迹。农历5月30日烈士舍生取义的日子，每年这一天，北港都会举行隆重的祭典。

乾隆51年(西元1786年)，林爽文、庄大田合攻诸罗(嘉义市)，隔年攻陷笨港，笨港居民为保家园，招募壮丁勇士结成义和团，并养了一头聪明的狗，昼夜守卫，防止盗匪的偷袭。但在隔年，却因盗匪设计夜袭，没有警戒而全遭杀害，108人及一只灵犬因此丧生。同年年底，清廷派福康安来台平定乱事，除了活捉林爽文、庄大田送京法办外，乃颁赐「旌义」匾额。

然而，同治元年(西元1862年)，彰化戴潮春集结匪徒于八卦山，不久南下进攻嘉义，当时笨港居民蔡冰等人，再一次募集义民兵抵抗匪徒，使得匪徒无法攻入，但义民兵也因此损失了35位，事平之后，乃将这些殉难者合祀于「旌义亭」中。

自从「旌义亭」设立以来，经过多次的修建而成为现在的「义民庙」，并用石头刻一座「义犬将军」的神位，供奉在后殿，和义民军一同受人崇拜。每年农历的5月下旬，居民们都会轮流至义民庙祭拜，而在笨港地区举行的祭典，称为「义民公普」。