马祖天后宫香火十分鼎盛，位于南竿岛西方的马祖港边，庙内供奉妈祖，左右陪祀有千里眼与顺风耳。相传昔日孝女林默娘投海救父，背负父亲的尸体漂流至南竿岛，当地的居民厚葬于此，并建立庙祀奉，庙中央的石方及妈祖棺木遗迹，为感念此事迹，此岛遂称为「马祖岛」。清康熙时谥封妈祖为天后，又称「天后宫」，为当地的信仰中心。每年的农历3月23日妈祖诞辰纪念日，迎灵绕境，是当地民间重要祭典日。