深坑镇南宫位于深坑区大仑脚,深坑的旧名「簪缨」,因为四面环山,形成坑状而有此名。深坑镇南宫主祀神祇是一块经过风化后形状像妈祖的巨石,该石像也有百年历史,四周围的墙都是用方形状的石块堆砌而成,石妈祖已成为深坑区最具有特色的庙宇。
据说百年前有一个看牛的孩童,跑到一座自然生成的妈祖石像上尿尿,结果脚不良于行,于是孩童父母赶紧到石像前谢罪,尔后有位善心人士便因此盖了一座草房庙供奉石妈祖,并发愿等赚钱发达后再好好改建,果真不多久该善心人士发达了便重新修建宫庙,并请专人替石妈祖开面,于是水南宫(镇南宫前身名)正式诞生。
宫内最大的特色,是主神石妈祖连著神桌和左右二根石柱,都是同一座石头公,长约一0五公尺而且形状成鹤状,乡民称它为白鹤仙师。
深坑镇南宫旁有一登山石阶步道,约有384阶,路旁有设置「石妈祖路碑」的纪录及建筑步道的历史说明碑。步道蜿蜒在青山的绿林中,站在石妈祖庙前的广场可以俯瞰深坑区的全景。