兰屿名胜五孔洞为集块岩或凝灰质集块岩所构成，凝灰质集块岩之块砾为黑色不规则状玄武岩或玄武岩质辉石安山岩，其粒径大小由数公分至数公尺不等，普遍有不规则之气孔，气孔多者类似火山渣或为基性浮岩之状，气孔常为碳酸钙之霰石充填，少数砾块为绿色角砾状之蛇纹岩，其基质为火山灰、砂、砾等，或粗细显著分明之层状，或大小相杂而无层理。侵入之基性岩脉为粗粒玄武岩，其所形成之柱状节理垂直于该脉之两侧界面。