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南山寺自光緒28年創立至今已近百年歷史，據說當年有一位學者名叫林揚，因識地理認為該處文山秀氣風景甚佳，唯水口相沖，山形似劍，居住人易生衝突爭鬥，建議造寺以制化，所以當時區長楊心亮先生出面召起信者，發善勸募造了一間草廟，並聘請木柵指南宮孚佑帝君蒞位顯化威靈。

然數年後遇一火劫將草寺燒毀，但仙公神像絲毫未損，信眾觀之乃認為神恩廣大慈悲顯化，於是重蓋瓦屋，又經年累月，瓦屋遭風蟻腐害，於民國68年再擴建，成為目前廟貌莊嚴的南山寺，本寺位於漁光知性之旅路徑中，廟前有許多茶園。