马公航空站位于湖西乡，全名为「交通部民用航空局马公航空站」，由民国46年起，由民航空运公司开始营运，民国66年8月成立马公航空站并开航，航站面积为37906平方公尺，跑道长度为-长3000公尺，宽45公尺。并备有消防车辆：3000加仑泡沫消防车三辆，1500加仑泡沫消防车一辆。
由于澎湖地区对外运输驻要仰赖空运，加上观光旅游蓬勃发展，迄民国八十三年马公机场全年营运量已达一七九万余人次。基于长期发展需要，民航局乃于既有航站区西南侧新购土地约十一公顷，筹划航空站扩建。
马公航空站原有航厦为地上两层建筑物，楼地板面积仅五、○八六平方公尺，新建之航站大厦以年旅客量四○一万人次为设计容量，为地下一层地上三层建筑物，楼地板面积达三七、九○六平方公尺，楼高一八．四五公尺，空间甚为敞舒适。
马公机场民航站区扩建工程于91.9.27完工启用，提升了澎湖居民对外空中运输之品质，未来配合澎湖县各项观光活动之推广，可提供旅客现代化空中运输门户，舒适宽敞的航厦空间，为澎湖地区对外空中交通建设开启新纪元。

ISO认证：本站于88.12.22通过ISO9002国际品质认证，取得美国BQR国际证公司颁授合格证书。

服务台服务：本站于航站大厦中间入境处设有服务台，提供各项服务：一般业务答询、观光旅游咨询、兑换硬币服务、广播寻人服务、残、老、妇、疾者搭机协助、育婴室设备提供、及其他服务等多项服务，请多加利用。