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潭門港旁不遠處，一座似海龜造型的建築，矗立於望安嶼的東南方。進入館內，望安自然生態盡收眼底，候鳥、保育生物紛紛登場，當然少不了最重要的「綠蠵龜」，除了龜種的特徵辨別及分布環境，海龜與民間祈福活動「上元乞龜」，均為館內耐人尋味的展示內容。值得注意的是佇立於展示廳入口的「好善堂」石碑，碑文記載著130年前望安地區士紳為保護海龜、耕牛而募款，立碑明文以津貼獎勵居民矜憐生命、同時報請官府准以違者重罰，以示恩威並重。現在此碑文已成為早期先民對於海龜生態保育的重要見證。

進入綠蠵龜觀光保育中心，首先映入眼簾的是展示大廳，右邊為視聽簡報室，每天上午10點至下午4點整點播放綠蠵龜生態影片，另10人以上團體可預約導覽解說服務，讓學習與參觀成為一種知性趣味的行程。