聖方濟各聖堂建於一九三八年，其設計主要採取澳門主要教堂的巴羅克式風格。聖堂外牆以奶白色爲主，還有橢圓形的窗戶及鐘樓。在聖堂的前面還有建于1910年戰勝海盜的紀念碑，在教堂內存放著一些亞洲最神聖的遺物，在一個銀制聖骨匣裏存放著聖方濟各的臂骨，聖人在日本傳教後，打算進入中國，於1552年在距離澳門七十公里的上川島逝世。
　　在日本，二十六名天主教徒外籍及日籍祖父于1957年在長崎被釘十字架殉道，而數以百計的日本教徒于1637年在SHIMABARA革命中被殺害，還有一些殉教者的骸骨被帶往澳門存放在聖保羅教堂，但因一次大火將整座聖保羅大教堂焚毀，所以，這批骸骨就轉送大堂存放，直至一九七四年，再遷移至聖方濟各聖安放。